虫蛀对药材的影响甚大，虫害的预防和消灭，对于大量贮存保管的药材仓库，主要是用氯化苦、磷化铝等化学药剂熏蒸法杀虫。对于药房中小量保存的药材，除药剂杀虫外，可采用下列方法防虫。
1．密封法：—般按件密封，可采用适当容器，用蜡或血料封固，怕热的药材可用干砂或稻糠埋藏密封，贵细药材，可充二氧化碳或氮气密封。
2．冷藏法：温度在5℃左右即不易生虫，因此可采用冷窖、冷库等干燥冷藏。
3．对抗法：这是二种传统方法、适用于数量不多的药材。如泽泻与丹皮同贮、泽泻不生虫、丹皮不变色，蕲蛇中放花椒，鹿茸中放樟脑，瓜蒌、蛤士蟆油中放酒等均不生虫。
采购来的中药原料和饮片本身是携带有害虫卵的，这是一个污染源；库房里本身是有飞蛾和甲虫，以及它们的卵，这是另外一个污染源。因此，害虫是会持续地发生的，但不用害怕，可以用如下方案把害虫控制在无害水平（不是灭绝，无害的意思是极低密度）。
1）选择性对某些药材及饮片进行0-4度下处理12小时杀虫卵。
2）在库房里悬挂飞蛾性诱捕器，约60元一个。平方米的仓库放2个即可，对角线相距10米放。这个东西是个小型纸壳装置，每个能用6周，然后更换。就凭这个东西能把库房里的98%的飞蛾给杀死。自动化杀虫，不用人管。只要你一直挂着，就能保证飞蛾不会造成危害。